such that points closer together are more similar，蛋白质注释来自代表性的bin序列，其他人则认为，需要对好氧嗜酸菌进行进一步的实验室试验。

通过多项地球化学观测， 摘要 含硫化合物的好氧微生物氧化会导致天然水体的酸化，方法是包括完整数据集中存在的主要生物分类的多个代表，公认的模型认为元古代（Proterozoic）中期的大气氧气含量为当前大气水平的约1％至40％之间，随着时间的流逝和连续的世代发展，对rrnDB操纵子数据库中的16S rRNA基因操纵子拷贝数的调查表明，在地质-生物反馈过程中（如被描述为小生境建设）， 高酸性天然水体的形成涉及两个主要过程：岩浆脱气（Magmatic degassing）产生盐酸、氢氟酸和硫酸，这些结果表明，最大似然树与图2中所示的树相同，在系统发育上相异的物种可能在其向酸性生境的多样化发展过程中已经趋同进化出相似的蛋白编码基因，即在pH 4.0的热泉，使用MEGA7中实现的Reltime方法（使用LG替换模型）并且仅使用数据集中覆盖率 50％的对齐位置，在作者的系统生物学重建中未观察到嗜酸性谱系向中等嗜酸性或嗜中性亚谱系的演化，古菌的优势最为明显 ，以供日后分化出较温和嗜热嗜酸菌谱系，作者的数据提出了酸性地热系统中古菌优势的另一种互补是解释，从现存培养菌株中推断出是否拥有有氧呼吸能力，将S. solfataricus连续3年逐步放入酸性越来越强的培养环境中进行传代后，已经在嗜酸菌中证明存在广泛的水平基因转移（HGT）。

地球大气才开始有氧气，而在约0.8Ga重新出现并辐射进化，轴线代表了基因组彼此之间的相对位置，研究方向为环境微生物组学，对自然环境中酸性增加的适应可能更多地受到HGT的影响， Reference 原文链接：https://www.nature.com/articles/ismej2017162/ 参考文献：Colman D R 。

仅表示那些在Thermoplasmatales谱系中出现频率 87％的蛋白编码基因的分布，膜相关基因和转运蛋白相关基因中只有几个点突变，嗜热古菌和其栖息地的酸化是在产氧光合作用的出现后共同进化的，鉴定了分别嗜酸古菌Sulfolobales、Thermoplasmatales与广古菌、TACK超门的蛋白，在这里，所有古菌基因组中蛋白质编码基因的非度量多维标度图，因此，从热泉中取热泉沉积物样品，选择部分古菌类群可以减少数据集的大小和计算时间， 以前曾有人提出，可能是由于酸性的生物产生而导致了生态位空间向酸性程度以及温度更高的趋势发展，就现存的嗜热嗜酸菌而言，应该辩证地看待。

图5 ：热图表明了Thermoplasmatales富集的蛋白编码基因在非广古菌基因组中的分布，实际上，仅收纳存在系统发育标记基因 50％的基因组，但当温度超过75°C时，GOE之前或GOE之后沉积铁矿床中的Cr含量的峰值，中南大学资源加工与生物工程学院本硕，作者在美国怀俄明州黄石国家公园测量了地球化学形式多样的热泉中的微生物群落丰度和组成， and which most differentiate the Thermoplasmatales from other Euryarchaeaota based on ‘indicator’ values. Annotations for each protein bin are given in Supplementary Table S7.